Durante su gobierno, el país afirma su independencia con respecto a Rusia y se abre hacia Occidente. Stambolov aspira a llevar a cabo una política independiente, no obstante los apetitos de las grandes potencias. Bulgaria se moderniza y se consolida económicamente, se invierten considerables recursos en el desarrollo de la educación, el teatro, los museos y las casas de cultura en el país.
La mano firme de Stambolov se deja sentir no sólo en las leyes, como la de diezmar el banditismo, que permitía juzgar y castigar en proceso rápido a los bandidos, sino también en sus métodos de eliminar a sus adversarios políticos. Por esto, él tenía siempre tanto fervorosos partidarios, como muchos enemigos: uno de ellos es Fernando, el soberano búlgaro de aquel entonces. En 1894 Stambolov presenta su dimisión y en el verano del siguiente año es agredido en la calle y asesinado a sablazos.
Hoy la figura de Stefan Stambolov y su importancia en la vida política nacional deberían ser reconsideradas, opina el destacado historiador Andrey Pantev y agrega:

“Su nombre es emblemático para la reconsideración de nuestro patrimonio histórico de aquel estado moderno que nació después de la Liberación del país del yugo turco a finales del siglo 19. En este sentido, Stambolov goza de una rehabilitación tardía, pero merecida. Conmemoramos un aniversario más de su natalicio con la conciencia de que no honramos la memoria de un ángel, de un político irreprochable que siempre tenía razón, sino de una persona que poseía numerosas virtudes, pero también numerosos vicios, deficiencias y caprichos”.
Como político Stambolov era un hueso duro de roer no sólo para sus correligionarios, sino también para aquellos a los que había orientado su política exterior. El no cabía en el marco de ningún programa partidista. Sus pasos enérgicos y su intransigencia desentonaban con frecuencia con las costumbres patriarcales, dominadas todavía por la pereza oriental. Él es uno de los pocos activistas del movimiento de liberación nacional que defienden sus ideas, principios y métodos en la administración estatal.
Las obras de Stambolov sorprenden también hoy por su envergadura: de los puentes a los ministerios nuevos, de las leyes nuevas a la constitución de grupos de cazadores. En todas ellas se percibe su perspicacia de estadista. Su patrimonio sigue desafiándonos con sus mensajes modernos.
Según los historiadores, hoy la actividad de Stefan Stambolov sigue siendo hasta cierto punto poco estudiada y evaluada. Pero todos son unánimes en opinar que Stambolov tiene un puesto reservado en el panteón de los constructores de la Bulgaria moderna.