Разследването работи върху всички възможни версии за убийството на Борис Немцов, а именно: провокация с цел дестабилизация на политическата обстановка; ислямско-екстремистка версия, свързана с вътрешноукраинските събития; битова версия, свързана с търговската дейност на Немцов.
От следствения комитет на Руската федерация заявиха, че са разпитани очевидците на престъплението, преглеждат се записите от видеокамерите по целия маршрут, по който е бил следен Немцов.
Следствието е на мнение, че убийството е било внимателно планирано и неговите извършители са били осведомени за това откъде ще мине политикът.