Според наблюдателите на изборите и референдума от Асоциация „Прозрачност без граници“ на този етап на личи недостатъчната информираност на членове на СИК как да боравят с бюлетините и се проявяват редица организационни нередности. Според Нушева са получени сигнали, че в пловдивския кв. „Смирненски“ СИК задължава избирателя да гласува и на двата избора. Подобен случай е регистриран и в София.
И според председателя на Института за развитие на публичната среда Антоанета Цонева има неравномерна и нееднаква практика за подаване на бюлетините от членовете на СИК към избирателите за гласуването за референдум. Тя подчерта, че членовете на комисиите трябва да информират гражданите, без да им дават задължително и двете бюлетини или да ги питат дали ще участват и в двата избора, а членовете на СИК трябва да гарантират провеждането на изборите според правилата.
В интервю за слушателите на БНР Цонева информира от Сърница, че и наблюдателите на ръководената от нея организацията регистрират случаи на т. нар. „извозване на избиратели“ с автомобили.
Към момента Институтът за развитие на публичната среда отчита по-висока избирателна активност в сравнение с парламентарните избори, проведени през 2014 г.
