Рилският манастир вече се охранява от частна охранителна фирма от Дупница.
Гардовете от охранителната фирма не допускат в манастирския храм хора с неприлично облекло, те следят за спазването на изисквания като това хората да са със свалена шапка, както и да не се снима в черквата. Преди за това следяха монасите на входа на черквата. В двора на манастира е забранено пушенето и това също се следи стриктно. Въпреки договора с частната охранителна фирма, полицейското присъствие в района на манастира не е намалено. Целият манастирски комплекс е под постоянно видео наблюдение, десетките камери и оборудването, особено при входовете и при манастирския музей, са закупени от светата обител, но се ползват и от полицията.