Passagiere, die in Schengen-Länder fliegen, werden ebenfalls keiner Passkontrolle unterzogen. Nachdem sie ihr Gepäck aufgegeben haben, müssen sie die obligatorische Sicherheitskontrolle durchlaufen. Nach der Kontrolle der Bordkarte können sie das Flugzeug besteigen. 

Der Flughafen Sofia ist auf die bevorstehende Änderung der Wege der Passagiere aus und nach Schengen-Ländern von den Passagieren aus/nach Drittstaaten vorbereitet.